| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Záblatíčko | 190 |
| Záboří nad Labem | 010 |
| Záboří u Číčenic | 192 |
| Zábřeh na Moravě | 270, 291 |
| Zábřeh na Moravě zastávka | 291 |
| Zábřeh u Hlučína | 317 |
| Zadní Poříčí | 207 |
| Zadní Třebaň | 171, 172 |
| Zádveřice | 335 |
| Záhlinice | 330 |
| Záhorovice | 340 |
| Záhoří | 201 |
| Záhořice | 161 |
| Zahrádky u České Lípy | 087 |
| Zahrady u Rumburka | 085 |
| Zaječí | 250, 255 |
| Zaječice | 238 |
| Zajíčkov | 202 |
| Zákolany | 093 |
| Zákolany zastávka | 121 |
| Zákupy | 086 |
| Zalešany | 012 |
| Záluží | 090 |
| Záměl | 020 |
| Zámělíč | 182 |
| Zámrsk | 010 |
| Zásmuky | 013 |
| Zastávka u Brna | 240 |
| Zašová | 281 |
| Zátoň | 208 |
| Zátoň zastávka | 208 |
| Zátor | 310 |
| Závada | 320 |
| Zavidov | 162 |
| Závišín | 208 |
| Závratec | 236 |
| Zbečno | 166 |
| Zbiroh | 170 |
| Zboněk | 260 |
| Zborovice | 301 |
| Zborovice zastávka | 301 |
| Zbraslavice | 235 |
| Zbudov | 190 |
| Zbůch | 180 |
| Zbuzany | 167 |
| Zbýšov | 331 |
| Zbytiny | 197 |
| Zdemyslice | 190 |
| Zdětín u Chotětova | 070 |
| Zdětín u Prostějova | 271 |
| Zdice | 170, 200 |
| Zdislava | 086 |
| Zdislavice | 223 |
| Zdounky | 301 |
| Zelená Lhota | 183 |
| Zeleneč | 231 |
| Zeměchy | 110 |
| Zlatá Koruna | 194 |
| Zlaté Hory | 295 |
| Zlenice | 222 |
| Zlín - Dlouhá | 335 |
| Zlín - Louky | 335 |
| Zlín - Malenovice | 335 |
| Zlín - Malenovice zastávka | 335 |
| Zlín - Podvesná | 335 |
| Zlín - Prštné | 335 |
| Zlín - Příluky | 335 |
| Zlín střed | 335 |
| Zlín - U mlýna | 335 |
| Zliv | 190 |
| Zlonín | 070 |
| Zlonice | 096, 110 |
| Zlonice zastávka | 096 |
| Znojmo | 241, 246, 248 |
| Znosim | 223 |
| Zruč nad Sázavou | 222, 235 |
| Zruč nad Sázavou zastávka | 222 |
| Zubří | 281 |
| Zvoleněves | 110 |