| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Sádek u Poličky | 261 |
| Sádek u Žatce | 120 |
| Sadov | 141 |
| Sadov - Podlesí | 140 |
| Sadová | 041 |
| Sadská | 060 |
| Salajna | 170 |
| Salavice | 203 |
| Samechov | 222 |
| Samopše | 222 |
| Sány | 020 |
| Sázava u Žďáru | 250 |
| Sázava zastávka | 222 |
| Sázava - Černé Budy | 222 |
| Sázavka | 230 |
| Sebuzín | 072 |
| Sedlčany | 225 |
| Sedlec u Mikulova | 246 |
| Sedlec u Obrnic | 113 |
| Sedlecko | 174 |
| Sedlejov | 203 |
| Sedlejovice | 030 |
| Sedlice | 208 |
| Sedlice město | 208 |
| Sedlíšťka | 010 |
| Sedlnice | 304 |
| Semanín | 260 |
| Semeč | 113 |
| Semily | 030 |
| Semínova Lhota | 041 |
| Semonice | 030 |
| Semošice | 182 |
| Semošice - Peřina | 182 |
| Semtín | 031 |
| Sendražice | 046 |
| Senice na Hané | 273, 275 |
| Senice na Hané zastávka | 273 |
| Senohraby | 221 |
| Senomaty | 161 |
| Senotín | 206 |
| Sepekov | 201 |
| Sezimovo Ústí | 220 |
| Silůvky | 244 |
| Sinutec | 113 |
| Skalice nad Svitavou | 260, 262 |
| Skalice u České Lípy | 080 |
| Skalná | 146 |
| Skalsko | 076 |
| Skály | 190 |
| Sklené nad Oslavou | 250 |
| Skochovice | 210 |
| Skotnice | 304 |
| Skovice | 236 |
| Skramouš | 076 |
| Skrbeň | 275 |
| Skrbovice | 313 |
| Skrochovice | 316 |
| Skršín | 113 |
| Skržice | 301 |
| Skříněřov | 197 |
| Skřivany | 040 |
| Skuhrov pod Brdy | 172 |
| Skuhrov pod Třemšínem | 207 |
| Skuteč | 261 |
| Skviřín | 176 |
| Slaný | 110 |
| Slaný předměstí | 110 |
| Slapy | 224 |
| Slatina nad Zdobnicí | 022 |
| Slatina pod Hazmburkem | 114 |
| Slatina u Vysokého Mýta | 016 |
| Slatiňany | 238 |
| Slatinice | 275 |
| Slavětín nad Ohří | 114 |
| Slavětín u Březnice | 208 |
| Slaviboř | 203 |
| Slavičín | 340 |
| Slavkov u Brna | 340 |
| Slavkov u Opavy | 314 |
| Slavníč | 237 |
| Slavonice | 203 |
| Slemeno | 021 |
| Slezské Rudoltice | 296 |
| Smetanova Lhota | 200 |
| Smidary | 040 |
| Smilov | 161 |
| Smiřice | 030, 046 |
| Smiřice zastávka | 046 |
| Smrčná | 222 |
| Smržovka | 034, 036 |
| Smržovka dolní nádraží | 036 |
| Smržovka střed | 036 |
| Smyslov | 202 |
| Sněžka | 904 |
| Sobčice | 041 |
| Soběslav | 220 |
| Soběšín | 222 |
| Sobíňov | 238 |
| Sobotín | 291 |
| Sobotka | 064 |
| Sokolnice | 331 |
| Sokolov | 140, 145 |
| Solnice | 021 |
| Solopysky | 126 |
| Sopotnice | 020 |
| Soumarský Most | 208 |
| Spálenec | 197 |
| Spálov | 036 |
| Spáňov | 185 |
| Spytihněv | 330 |
| Srbská | 039 |
| Srbsko | 171 |
| Srby | 190 |
| Srní u České Lípy | 080 |
| Sruby | 010 |
| Stadice | 131 |
| Stachovice | 277 |
| Staňkov | 180, 182 |
| Stará Boleslav | 072 |
| Stará Huť | 210 |
| Stará Paka | 030, 040, 064 |
| Stará Role | 142 |
| Staré Jesenčany | 238 |
| Staré Křečany | 084 |
| Staré Město pod Sněžníkem | 292 |
| Staré Město u Uherského Hradiště | 330, 334 |
| Staré Místo u Jičína | 061 |
| Staré Sedliště | 184 |
| Staré Splavy | 080 |
| Starec | 185 |
| Starkoč | 032, 033 |
| Starý Kolín | 010 |
| Starý Plzenec | 190 |
| Starý Šachov | 082 |
| Stařeč | 241 |
| Stašov | 170 |
| Stéblová | 031 |
| Stebnice | 170 |
| Stebno | 160 |
| Stehlovice | 201 |
| Stod | 180 |
| Stochov | 120 |
| Stožec | 194 |
| Strahov | 175 |
| Strachovice | 162 |
| Strakonice | 190, 208 |
| Straky | 080 |
| Strančice | 221 |
| Straškov | 095, 096 |
| Stratov | 231 |
| Stráž nad Nisou | 037 |
| Stráž nad Ohří | 140 |
| Stráž u Tachova | 184 |
| Strážisko | 271 |
| Strážnice | 341 |
| Struhařov | 223 |
| Strunkovice nad Blanicí | 197 |
| Strunkovice nad Volyňkou | 208 |
| Stružinec | 238 |
| Stružnice | 082 |
| Střapole | 174 |
| Středokluky | 121, 122 |
| Střechov nad Sázavou | 222 |
| Střelice | 240, 244 |
| Střelná | 280 |
| Střelná v Krušnýh horách | 135 |
| Střelské Hoštice | 190 |
| Střeň | 270 |
| Střezimíř | 220 |
| Stříbrná Skalice | 222 |
| Střírné Hory | 250 |
| Stříbro | 170 |
| Střítež nad Bečvou | 281 |
| Střítež u Českého Těšína | 322 |
| Střítež u Jihlavy | 240 |
| Střížovice | 206 |
| Studánka | 148 |
| Studenec | 240, 252 |
| Studénka | 270, 279, 304, 331 |
| Studénka město | 279 |
| Stupno | 174 |
| Stvolínky | 087 |
| Stvořidla | 222 |
| Sudkův Důl | 205 |
| Sudoměř u Mladé Boleslavi | 076 |
| Sudoměř u Písku | 190 |
| Sudoměřice nad Moravou | 336, 341 |
| Sudoměřice u Bechyně | 224 |
| Sudoměřice u Tábora | 220 |
| Suchá | 142 |
| Suchdol nad Lužnicí | 226 |
| Suchdol nad Lužnicí zastávka | 226 |
| Suchdol nad Odrou | 270, 276, 277, 278, 331 |
| Suchovršice | 032 |
| Sulejovice | 113, 114 |
| Sulislav | 170 |
| Sušice | 185 |
| Svádov | 072 |
| Svatava | 145 |
| Svatava zastávka | 145 |
| Svatobořice | 257 |
| Svatoňovice | 276 |
| Světec | 131 |
| Světice | 221 |
| Světlá Hora | 312 |
| Světlá nad Sázavou | 222, 230 |
| Světlá nad Sázavou město | 222 |
| Světlá nad Sázavou zastávka | 230 |
| Světlá u Boskovic | 262 |
| SVídnice | 062 |
| Svinětice | 197 |
| Svitávka | 260 |
| Svitavy | 260, 261 |
| Svitavy zastávka | 261 |
| Svitavy - Lačnov | 260 |
| Svitavy - Lány | 260 |
| Svítkov | 010 |
| Svoboda nad Úpou | 045 |
| Svobodné Heřmanice | 314 |
| Svojetín | 126 |
| Svojkovice | 170 |
| Svojšín | 170, 176 |
| Svor | 080 |
| Svrčinovec zastávka | 320 |
| Svržno | 184 |
| Sychrov | 030 |
| Synkov | 021 |
| Syřenov | 064 |