| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Rabakov | 063 |
| Rácovice | 243 |
| Račice nad Berounkou | 166 |
| Račice nad Trotinou | 046 |
| Račiněves | 095 |
| Radejčín | 097 |
| Radim | 012 |
| Radkov | 203 |
| Rádlo | 030 |
| Radnice | 174 |
| Radňov | 237 |
| Radňovice | 251 |
| Radomyšl | 208 |
| Radomyšl zastávka | 208 |
| Radonice nad Ohří | 114 |
| Radonice u Kadaně | 165 |
| Radostice | 244 |
| Radošovice | 208 |
| Radouš | 172 |
| Radvanice | 047 |
| Rájec-Jestřebí | 260 |
| Rajhrad | 250 |
| Rajnochovice | 300 |
| Rakovník | 124, 126, 161, 162, 166 |
| Rakovník zastávka | 124 |
| Rakšice | 244 |
| Rakvice | 250 |
| Ramzová | 290 |
| Rantířov | 204 |
| Rapotice | 240 |
| Rapotín | 291 |
| Raspenava | 037, 038 |
| Rataje nad Sázavou | 234 |
| Rataje nad Sázavou předměstí | 234 |
| Rataje nad Sázavou zastávka | 222 |
| Rataje nad Sázavou-Ivaň | 222 |
| Ratboř | 234 |
| Ražice | 190, 201 |
| Rejkovice | 200 |
| Rodinov | 205 |
| Rodvinov | 204 |
| Rohanov | 197 |
| Rohatec | 330, 341 |
| Rohatec kolonie | 341 |
| Rohatec zastávka | 330, 341 |
| Rohatsko | 064 |
| Rochlov | 181 |
| Rojice | 208 |
| Rokycany | 170, 173 |
| Rokycany předměstí | 173 |
| Rokytňany | 063 |
| Rokytnice nad Jizerou | 042 |
| Rokytnice u Přerova | 270 |
| Rokytnice v Orlických horách | 022 |
| Ronov nad Doubravou | 236 |
| Ronov nad Doubravou zastávka | 236 |
| Ronov nad Sázavou | 250 |
| Ropice | 322 |
| Ropice zastávka | 320 |
| Ropice zálesí | 322 |
| Rosice nad Labem | 031, 238 |
| Rosice u Brna | 240 |
| Rostoklaty | 011 |
| Rotava | 145 |
| Roudná | 220 |
| Roudnice nad Labem | 090, 096 |
| Roudnice nad Labem město | 096 |
| Roudnice nad Labem-Bezděkov | 096 |
| Roudnice nad Labem-Hracholusky | 096 |
| Rousínov | 331 |
| Roveň | 015 |
| Rovensko pod Troskami | 041 |
| Rovné-Divišov | 251 |
| Rozhovice | 015 |
| Rozhraní | 260 |
| Rozsochatec | 238 |
| Rozsochy | 251 |
| Rozstání | 263 |
| Roztoky u Jilemnice | 040 |
| Roztoky u Křivoklátu | 166 |
| Roztoky u Prahy | 091 |
| Roztoky-Žalov | 091 |
| Rožďalovice | 061 |
| Rožmberk nad Vltavou | 195 |
| Rožmitál pod Třemšínem | 207 |
| Rožná | 251 |
| Rožnov pod Radhoštěm | 281 |
| Rtyně nad Bílinou | 131 |
| Rtyně v Podkrkonoší | 032 |
| Rtyně v Podkrkonoší zastávka | 032 |
| Ruda nad Moravou | 290 |
| Rudíkov | 252 |
| Rudná pod Pradědem | 312 |
| Rudná pod Pradědem zastávka | 312 |
| Rudná u Prahy | 122, 167 |
| Rudoltice v Čechách | 270, 272 |
| Rumburk | 080, 084, 088 |
| Rumburk zastávka | 088 |
| Ruprechtice | 027 |
| Rusová | 137 |
| Růžová hora | 904 |
| Rybná nad Zdobnicí | 022 |
| Rybník | 195, 196 |
| Rybniště | 080, 081 |
| Rychnov nad Kněžnou | 021 |
| Rychnov nad Kněžnou zastávka | 021 |
| Rychnov u Jablonce nad Nisou | 030 |
| Rychnovek | 032 |
| Rymaně | 210 |
| Rýmařov | 311 |
| Rynárec | 202 |
| Rynholec | 120 |
| Rynoltice | 086 |