| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Mačkov | 208 |
| Machnín | 089 |
| Machnín hrad | 089 |
| Majdalena | 226 |
| Malá Bělá | 080 |
| Malá Hraštice | 210 |
| Malá Morávka | 312 |
| Malá Skála | 030 |
| Malá Veleň | 082 |
| Malé Březno nad Labem | 072 |
| Malé Hoštice | 317 |
| Malé Chvojno | 132 |
| Malé Svatoňovice | 032 |
| Malé Žernoseky | 090 |
| Malechovice | 064 |
| Malenice nad Volyňkou | 208 |
| Malešov | 235 |
| Málkov | 140 |
| Malměřice | 161 |
| Malonice | 185 |
| Malovice u Netolic | 193 |
| Malovidy | 222 |
| Malšice | 224 |
| Malý Beranov | 240 |
| Malý Pěčín | 203 |
| Malý Rapotín | 184 |
| Malý Ratmírov | 206 |
| Malý Újezd | 072 |
| Mankovice | 276 |
| Marefy | 340 |
| Mariánské Lázně | 149, 170 |
| Mariánské Lázně město | 149 |
| Markvartice | 081 |
| Martiněves u Děčína | 132 |
| Martiněves u Libochovic | 095 |
| Martinice u Velkého Meziříčí | 252 |
| Martinice v Krkonoších | 040, 042 |
| Mašovice | 182 |
| Meclov | 182 |
| Měděnec | 137 |
| Měděnec zastávka | 137 |
| Medlešice | 238 |
| Měchenice | 210 |
| Měcholupy | 120 |
| Mělnická Vrutice | 076 |
| Mělník | 072, 076 |
| Mělník-Mlazice | 072 |
| Merklín | 141 |
| Měrovice nad Hanou | 331 |
| Městec Králové | 062 |
| Městečko Trnávka | 263 |
| Městečko u Benešova | 223 |
| Městečko u Křivoklátu | 166 |
| Město Albrechtice | 290 |
| Měšice u Prahy | 070 |
| Mešno | 173 |
| Mezihoří | 263 |
| Meziměstí | 026, 027 |
| Mezipotočí | 194 |
| Meziříčí | 201 |
| Mezno | 220 |
| Mikulášovice dolní nádraží | 083, 084 |
| Mikulášovice horní nádraží | 084 |
| Mikulášovice střed | 084 |
| Mikulov na Moravě | 246 |
| Mikulov v Krušných horách | 135 |
| Mikulov-Nové Město | 135 |
| Mikulovice | 290, 295 |
| Milavče | 180 |
| Mileč | 190 |
| Milenovice | 190 |
| Milevsko | 201 |
| Milhostov u Mariánských Lázní | 149 |
| Milíkov | 170 |
| Milín | 200 |
| Milostín | 120 |
| Milotice nad Bečvou | 280 |
| Milotice nad Opavou | 310, 313 |
| Milovice | 232 |
| Mimoň | 086 |
| Minartice | 225 |
| Minkovice | 037 |
| Miroslav | 244 |
| Mirošov | 173 |
| Mirošov město | 173 |
| Mirošovice u Prahy | 221 |
| Mirošovice u Ratají nad Sázavou | 234 |
| Mírová | 143 |
| Mírovice | 200 |
| Mírovka | 240 |
| Mitrov | 234 |
| Mladá Boleslav hlavní nádraží | 064, 070, 076, 080 |
| Mladá Boleslav město | 064 |
| Mladá Boleslav-Debř | 070, 080 |
| Mladé Buky | 045 |
| Mladecko | 314 |
| Mladeč | 274 |
| Mladeč jeskyně | 274 |
| Mladějov na Moravě | 263 |
| Mladějov v Čechách | 064 |
| Mladějovice | 290 |
| Mladkov | 024 |
| Mladotice | 160, 162 |
| Mladotice zastávka | 160 |
| Mlčechvosty | 090 |
| Mlýnec | 061 |
| Mlýnický Dvůr | 025 |
| Mlýny | 081 |
| Mnetěš | 095 |
| Mnich | 204 |
| Mnichovice | 221 |
| Mnichovo Hradiště | 070 |
| Mníšek pod Brdy | 210 |
| Mníšek u Liberce | 037 |
| Modlešovice | 190 |
| Modrá u Děčína | 132 |
| Modřice | 250 |
| Mohelnice | 270 |
| Mochov | 233 |
| Mochov zastávka | 233 |
| Mojžíř | 090 |
| Mokré Lazce | 316 |
| Mokrosuky | 185 |
| Mokrovraty | 210 |
| Moldava v Krušných horách | 135 |
| Moravany | 010, 015 |
| Moravičany | 270 |
| Moravská Chrastova | 260 |
| Moravská Nová Ves | 330 |
| Moravská Třebová | 263 |
| Moravské Bránice | 244 |
| Moravské Budějovice | 241, 243 |
| Moravský Beroun | 310 |
| Moravský Karlov | 025 |
| Moravský Krumlov | 244 |
| Moravský Písek | 330 |
| Moravský Písek zastávka | 330 |
| Morkovice | 333 |
| Mořkov | 302 |
| Mořkov hlavní trať | 300 |
| Most | 110, 113, 123, 130, 135 |
| Most-Kopisty | 135 |
| Most-Minerva | 135 |
| Mostek | 030 |
| Mosty u Jablunkova | 320 |
| Mosty u Jablunkova zastávka | 320 |
| Mrač | 221 |
| Mrázov | 149 |
| Mrzkovice | 222 |
| Mstětice | 231 |
| Mšené Lázně | 095 |
| Mšeno | 076 |
| Mutějovice | 126 |
| Mutějovice zastávka | 120 |
| Mutěnice | 255, 257 |
| Mutěnice zastávka | 255 |
| Mutěnín | 184 |
| Mutišov | 203 |
| Myslechovice | 273 |
| Mysliboř | 203 |
| Myslíč | 223 |
| Myslín | 200 |
| Mýto | 170 |