| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Jablonec nad Jizerou | 042 |
| Jablonec nad Jizerou - Hradsko | 042 |
| Jablonec nad Nisou | 036 |
| Jablonec nad Nisou dolní nádraží | 036 |
| Jablonec nad Nisou zastávka | 036 |
| Jablonecké Paseky | 036 |
| Jablonné nad Orlicí | 024 |
| Jablonné v Podještědí | 086 |
| Jablůnka | 280 |
| Jablunkov | 320 |
| Jackov | 243 |
| Jakartovice | 314 |
| Jakubčovice nad Odrou | 276 |
| Jamartice | 311 |
| Jamné nad Orlicí | 024 |
| Janová | 282 |
| Janovice nad Úhlavou | 183, 185 |
| Janovice u Trutnova | 047 |
| Janské Lázně | 903 |
| Jarohněvice | 301 |
| Jaroměř | 030, 032 |
| Jaroměřice nad Rokytnou | 241 |
| Jarošov nad Nežárkou | 204 |
| Jarov | 210 |
| Javorník nad Veličkou | 341 |
| Javorník nad Veličkou zastávka | 341 |
| Javorník ve Slezsku | 293 |
| Javorový vrch u Třince | 905 |
| Jedlová | 080, 081 |
| Jedlová zastávka | 080 |
| Jeníkovice | 014 |
| Jenín | 195 |
| Jeřice | 041 |
| Jeřmanice | 030 |
| Jesenec | 271 |
| Jesenice | 161 |
| Jeseník | 290 |
| Jeseník nad Odrou | 270 |
| Jesenný | 036 |
| Jestřabice | 340 |
| Jestřebí | 080 |
| Ješetice | 220 |
| Ještěd | 902 |
| Jetenovice | 190 |
| Jetětice | 201 |
| Jevíčko | 262 |
| Jevišovka | 246 |
| Jezdovice | 203 |
| Jičín | 041, 061 |
| Jičín zastávka | 041 |
| Jičíněves | 061 |
| Jihlava | 202, 204, 240 |
| Jihlava město | 204 |
| Jihlava-Bosch Diesel | 240 |
| Jihlava - Staré Hory | 204 |
| Jihlávka | 204 |
| Jikev | 061 |
| Jilemnice | 042 |
| Jilešovice | 316 |
| Jílové u Děčína | 132 |
| Jílové u Prahy | 210 |
| Jílovice | 190 |
| Jimlín | 126 |
| Jince | 200 |
| Jindřichov na Moravě | 290 |
| Jindřichov ve Slezsku | 290 |
| Jindřichovice pod Smrkem | 039 |
| Jindřichův Hradec | 204, 205, 206 |
| Jindřiš | 206 |
| Jinolice | 041 |
| Jirkov zastávka | 130 |
| Jiřetín pod Bukovou | 034 |
| Jiřetín pod Jedlovou | 081 |
| Jiřice | 074 |
| Jiříkov | 088 |
| Jiříkov - Filipov | 088 |
| Jistebník | 270 |
| Jivany | 041 |
| Jívová | 310 |
| Josefův Důl | 034 |