| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Háj u Duchcova | 134 |
| Háj ve Slezsku | 316 |
| Hájek | 140 |
| Hajniště | 039 |
| Halenkov | 282 |
| Halenkov zastávka | 282 |
| Hamry nad Sázavou | 250 |
| Hanušovice | 024, 290, 292 |
| Hanušovice zastávka | 292 |
| Harrachov | 035 |
| Hatě | 234 |
| Havířov | 321 |
| Havířov - Suchá | 321 |
| Havlíčkův Brod | 230, 237, 238, 240, 250 |
| Havlíčkův Brod - Perknov | 230 |
| Havlovice | 184 |
| Havřice | 340 |
| Hazlov | 148 |
| Hejnice | 038 |
| Herálec | 237 |
| Herbertov | 195 |
| Heroltice | 025 |
| Heřmaň | 200 |
| Heřmaň obec | 190 |
| Heřmaničky | 220 |
| Heřmánky | 276 |
| Heřmanova Huť | 181 |
| Heřmanův Městec | 014, 015 |
| Heřmanův Městec zastávka | 014 |
| Hevlín | 245 |
| Hladké Životice | 270 |
| Hladké Životice místní nádraží | 277 |
| Hlavno | 140 |
| Hleďsebe | 076 |
| Hlinsko pod Hostýnem | 300 |
| Hlinsko v Čechách | 238 |
| Hlízov | 230 |
| Hlubočky | 310 |
| Hlubočky zastávka | 310 |
| Hlubočky - Mariánské Údolí | 310 |
| Hluboká nad Vltavou | 190 |
| Hluboká nad Vltavou - Zámostí | 220 |
| Hluboká u Borovan | 190 |
| Hluboký Důl | 234 |
| Hlučín | 317 |
| Hlušovice | 290 |
| Hnátnice | 024 |
| Hněvčeves | 041, 046 |
| Hněvice | 090 |
| Hnojnice | 113 |
| Hnojník | 322 |
| Hodice | 203 |
| Hodkov | 235 |
| Hodkov zastávka | 235 |
| Hodkovice nad Mohelkou | 030 |
| Hodkovice u Trutnova | 047 |
| Hodňov | 194 |
| Hodonice | 246 |
| Hodonín | 255, 257, 330, 336, 341 |
| Hodonín zastávka | 336 |
| Hodslavice | 302 |
| Hodslavice - Hostašovice | 300, 302 |
| Hojsova Stráž | 183 |
| Hojsova Stráž - Brčálník | 183 |
| Holasovice | 316 |
| Holečkov | 193 |
| Holedeček | 120 |
| Holešov | 300 |
| Holetice | 120 |
| Holetín | 238 |
| Holice | 015 |
| Holice zastávka | 015 |
| Holkov | 196 |
| Holostřevy | 176 |
| Holoubkov | 170 |
| Holubice | 331 |
| Holubov | 194 |
| Holýšov | 180 |
| Horažďovice | 185 |
| Horažďovice předměstí | 185, 190 |
| Horka nad Moravou | 275 |
| Horka nad Sázavou | 222 |
| Horka u Chrudimi | 238 |
| Horka u Staré Paky | 030 |
| Horky u Tábora | 224 |
| Horní Adršpach | 047 |
| Horní Beřkovice | 095 |
| Horní Blatná | 142 |
| Horní Branná | 040 |
| Horní Bříza | 160 |
| Horní Bříza zastávka | 160 |
| Horní Cerekev | 202, 204 |
| Horní Dvořiště | 196 |
| Horní Háj | 135 |
| Horní Hanychov (visutá lanová dráha) | 902 |
| Horní Heřmanice | 293 |
| Horní Hradiště | 160 |
| Horní Kamenice | 081 |
| Horní Ledeč | 222 |
| Horní Lideč | 280 |
| Horní Lipová | 290 |
| Horní Moštěnice zastávka | 330 |
| Horní Nerestce | 200 |
| Horní Nová Ves | 040 |
| Horní Planá | 194 |
| Horní Planá zastávka | 194 |
| Horní Počaply | 090 |
| Horní Podluží | 081 |
| Horní Pohled | 230 |
| Horní Poustevna | 083 |
| Horní Povelice | 296 |
| Horní Řasnice | 039 |
| Horní Řepčice | 087 |
| Horní Skrýchov | 205 |
| Horní Slavkov | 144 |
| Horní Slavkov zastávka | 141 |
| Horní Suchá | 321 |
| Horní Sytová | 042 |
| Horní Tošanovice | 322 |
| Horní Ves | 204 |
| Horní Vilímeč | 204 |
| Horní Vltavice | 208 |
| Horšovský Týn | 182 |
| Horusice | 220 |
| Hořátev | 060 |
| Hořesedly | 126 |
| Hořetice | 120 |
| Hořice na Šumavě | 194 |
| Hořice v Podkrkonoší | 041 |
| Hořiněves | 046 |
| Hořovice | 170 |
| Hosín | 220 |
| Hostěrádky - Rešov | 331 |
| Hostětín | 340 |
| Hostinné | 040 |
| Hostivice | 120, 121, 122, 128 |
| Hostivice - Litovice | 122 |
| Hostomice nad Bílinou | 131 |
| Hostomice pod Brdy | 172 |
| Hostouň | 184 |
| Hostouň u Prahy | 121, 128 |
| Hoštěc | 149 |
| Hoštějn | 270 |
| Hoštice u Volyně | 208 |
| Hoštice - Heroltice | 331 |
| Hoštka | 072 |
| Hovězí | 282 |
| Hovorčovice | 070 |
| Hrabačov | 042 |
| Hrabětice | 245 |
| Hrabišín | 290 |
| Hradčany | 250 |
| Hradčovice | 340 |
| Hradec Králové hlavní nádraží | 020, 030, 031, 041 |
| Hradec Králové zastávka | 020 |
| Hradec Králové - Kukleny | 020 |
| Hradec Králové - Slezské Přdměstí | 020 |
| Hradec nad Moravicí | 315 |
| Hradec nad Svitavou | 260 |
| Hradec u Jeseníku | 290 |
| Hradec u Kadaně | 164 |
| Hradec u Stoda | 180 |
| Hrádek nad Nisou | 089 |
| Hrádek u Rokycan | 173 |
| Hrádek u Sušice | 185 |
| Hrádek ve Slezsku | 320 |
| Hradiště u Blatné | 191 |
| Hradiště v Čechách | 097 |
| Hrachovec | 281 |
| Hranice na Moravě | 270, 280, 331 |
| Hranice na Moravě město | 280 |
| Hranice v Čechách | 148 |
| Hrdějovice | 220 |
| Hrdlořezy | 226 |
| Hrdlovka | 134 |
| Hrdly | 090 |
| Hrdoňovice | 064 |
| Hrob | 135 |
| Hrobce | 090 |
| Hrochův Týnec | 015 |
| Hronov | 026 |
| Hronov zastávka | 026 |
| Hroznětín | 141 |
| Hroznětín zastávka | 141 |
| Hrubá Skála | 041 |
| Hrubá Voda | 310 |
| Hrubá Voda zastávka | 310 |
| Hrubá Voda - Smilov | 310 |
| Hrušky | 330 |
| Hrušky zastávka | 330 |
| Hrušová | 016 |
| Hrušovany nad Jevišovkou | 244, 245, 246 |
| Hrušovany u Brna | 250 |
| Hřebeny | 145 |
| Hříběcí | 202 |
| Hřívice | 126 |
| Hudčice | 208 |
| Hulín | 300, 330 |
| Humpolec | 237 |
| Hůrky | 206 |
| Husinec | 197 |
| Huslenky | 282 |
| Huslenky zastávka | 282 |
| Hustopeče na Bečvou | 280 |
| Hustopeče u Brna | 254 |
| Huštěnovice | 330 |
| Hvězdonice | 222 |
| Hvězdoňovice | 241 |
| Hynčice | 027 |
| Hýskov | 166 |