| Název stanice | číslo traťového úseku |
| Čachnov | 261 |
| Čáslav | 230, 236 |
| Častolovice | 021, 022 |
| Častolovice zastávka | 022 |
| Čebín | 250 |
| Čejč | 255 |
| Čejetice | 190 |
| Čejkovice | 160 |
| Čeladná | 323 |
| Čelákovice | 074, 231, 233 |
| Čelákovice zastávka | 074 |
| Čelčice | 301 |
| Čelechovice na Hané | 275 |
| Čenkov u Malšic | 202 |
| Čeperka | 031 |
| Čerčany | 210, 212, 221 |
| Čermná nad Orlicí | 020 |
| Čermná ve Slezsku | 276 |
| Černá v Pošumaví | 194 |
| Černčice | 026 |
| Černíny | 235 |
| Černošice | 171 |
| Černošice-Mokropsy | 171 |
| Černotín | 280 |
| Černousy | 037 |
| Černovice u Chomutova | 137 |
| Černovice u Tábora | 205 |
| Černožice | 031 |
| Černuc | 096 |
| Černý Dub | 194 |
| Černý Kříž | 194 |
| Čertova Stěna | 195 |
| Červená nad Vltavou | 201 |
| Červená Voda | 025 |
| Červené Pečky | 014 |
| Červené Poříčí | 183 |
| Červenka | 270, 273 |
| Červený Kostelec | 032 |
| Červený Potok | 021 |
| Červený Újezd u Votic | 220 |
| Česká | 250 |
| Česká Kamenice | 081 |
| Česká Kubice | 180 |
| Česká Lípa - Holý vrch | 081 |
| Česká Lípa hlavní nádraží | 080, 081, 086, 087 |
| Česká Lípa střelnice | 080 |
| Česká Metuje | 026 |
| Česká Skalice | 032 |
| Česká Třebová | 010, 260, 262, 270 |
| Česká Ves | 292 |
| Česká Ves bazén | 292 |
| České Budějovice | 190, 194, 196, 199, 22O |
| České Budějovice jižní zastávka | 194, 196 |
| České Budějovice severní zastávka | 190, 220 |
| České Hamry | 137 |
| České Velenice | 199, 226 |
| Český Brod | 011 |
| Český Krumlov | 194 |
| Český Šternberk | 212 |
| Český Šternberk zastávka | 212 |
| Český Těšín | 320, 321, 322 |
| Čestice | 021 |
| Číčenice | 190, 192, 197 |
| Číchov | 240 |
| Čimelice | 200 |
| Činěves | 062 |
| Čisovice | 210 |
| Čistá | 162 |
| Čížkovice | 113, 114 |
| Čížov | 212 |
| Čížová | 200 |
| Čkyně | 198 |
| Čtyřkoly | 221 |
| Čunín | 271 |